Le modalità del trattamento endoscopico comprendono: duodenoscopia a visione laterale , procedimenti di emostasi con clip o mediante iniezione di soluzione con adrenalina, colangiopancreatografia retrograda endoscopica (CPRE) con sfinterotomia endoscopica e diverticolectomia endoscopica.
Sin dagli anni Novanta i trattamenti endoscopici, come i procedimenti endoscopici emostatici per le emorragie digestive, la CPRE con sfinterotomia endoscopica per le manifestazioni biliopancreatiche, la diverticolectomia endoscopica con ansa diatermica per i diverticoli endoluminali hanno soppiantato il trattamento chirurgico delle forme complicate dei diverticoli duodenali.